超时空要塞plus故事的主人公艾尔菲有着不为人知的复杂和不幸的家庭背景。在与自己的父亲分散多年之后，艾尔菲终于得知了父亲的近况，原来父亲遭遇不幸，恶病缠身，穷困潦倒。对此，艾尔菲欲查明导致这一切发生的原因。可是突然出现在艾尔菲面前的义理姐妹玛雅却搅乱了一切，她拒绝艾尔菲对事情的介入。在寻找真相的道路上，艾尔菲的处境变得愈加艰难和危险。